Το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1920 με έδρα τα Χανιά το οποίο λειτούργησε άτυπα μέχρι το 1928 οπότε αναγνωρίσθηκε ως ΝΠΔΔ. Το 1943, με νομοθετικό διάταγμα έγινε Δημόσια Υπηρεσία ως παράρτημα των Γενικών Αρχείων του Κράτους. Η συλλογή του αριθμεί περί τα 700.000 ιστορικά έγγραφα και ντοκουμέντα, από το 1821 μέχρι σήμερα και θεωρείται, μετά τα Γενικά αρχεία της Αθήνας, η δεύτερη σε όγκο και σπουδαιότητα συλλογή.
Στις άνω των 170 αρχειακών συλλογών της Υπηρεσίας, συγκαταλέγονται:
- Αρχεία Επαναστατικά – Επίσημη Αλληλογραφία των Κρητικών Επαναστάσεων 1821 – 1830, 1866 -1869, 1877 – 1878, 1895 – 1898 καθώς και του Κινήματος του Θερίσου του 1905.
- Ιδιωτικές αρχειακές συλλογές που αναφέρονται σε διάφορες χρονικές περιόδους της Κρητικής Ιστορίας, με αλληλογραφία των Αρχηγών των Επαναστάσεων, Σωματαρχών, Οπλαρχηγών αλλά και άλλων εξεχόντων προσώπων.
- Αρχείο Κρητών Αγωνιστών.
- Αρχεία Οθωμανικά και του Κεντρικού Μεταφραστικού Γραφείου Κρήτης.
- Αρχεία Συμβολαιογραφικά από τα τέλη του 19ου αιώνα.
- Ολόκληρο το αρχείο της Κρητικής Πολιτείας, του αυτόνομου δηλαδή Κρητικού Κράτους (1898 – 1913).
- Αρχειακό υλικό που αναφέρεται στο Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο
