Το μουσείο στεγάζεται από το 1997 στο καθολικό της μονής του San Salvatore, χρονολογείται πιθανότατα στο 15ο αιώνα, δίπλα στον ομώνυμο προμαχώνα, στη δυτική πλευρά των ενετικών οχυρώσεων. Στη νότια πλευρά σώζεται ακόμη η σκεπαστή στοά (chiostro), όπου υπήρχαν τα κελιά των Φραγκισκανών μοναχών. Κατά τη τουρκοκρατία ο ναός μετατράπηκε σε τζαμί, το Αγά Χαν Τζαμισί.
Τα εκθέματα του προέρχονται από αρχαιολογικό υλικό που έχει συλλεχθεί από τις ανασκαφικές δραστηριότητες της 13ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, από συλλογές και δωρεές. Μέσω του υλικού αυτού σκιαγραφείται η ιστορική και καλλιτεχνική φυσιογνωμία του νομού κατά τους βυζαντινούς και μεταβυζαντινούς χρόνους. Τα αυστηρά επιλεγμένα αντικείμενα, λόγω χώρου, δεν εξαντλούν το θέμα αλλά είναι αντιπροσωπευτικά παραδείγματα της πολύχρονης ιστορικής διαδρομής του νομού Χανίων.
Τα έργα της κάθε ενότητας παρουσιάζονται σε χρονολογική διαδοχή, ενώ χάρτες και επεξηγηματικοί πίνακες κατατοπίζουν τον επισκέπτη σχετικά με την προέλευση των εκθεμάτων και το ιστορικό πλαίσιο της κάθε εποχής. Μερικά από τα εκθέματα που θα συναντήσει ο επισκέπτης είναι το ψηφιδωτό δάπεδο από βασιλική του 6ου αιώνα, τοιχογραφίες και φορητές εικόνες με εξαιρετικό δείγμα την εικόνα του έφιππου Αγίου Γεωργίου του Εμμανουήλ Τζάνε (χρονολογείται στα 1660-1680), την αναθηματική επιγραφή του 1623 με οικόσημα ενετικών οικογενειών, τα δύσμορφα προσωπεία και άλλα σημαντικά ευρήματα.
