Το Μουσείο Εικόνων και Κειμηλίων Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης στεγάζεται στον Ενετικό ναό της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, στο κέντρο του Ηρακλείου, και δίπλα στο Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά. Ο ναός του 16ου αιώνα υπήρξε καθολικό της μονής -μετοχίου της Μονής Αγίας Αικατερίνης του Σινά, και είχε ιδρυθεί ήδη από τον 10ο αιώνα.
Δεν είναι τυχαία η επιλογή του συγκεκριμένου ναού για την εγκατάσταση του μουσείου, καθώς ο χώρος είναι άμεσα συνδεδεμένος με τις τέχνες και τα γράμματα: Εδώ λειτούργησε κατά την Ενετοκρατία μια σπουδαία Σχολή Μόρφωσης όπου διδάσκονταν αρχαίοι Έλληνες συγγραφείς, φιλοσοφία, θεολογία και ζωγραφική.
Εδώ εκπαιδεύτηκαν σπουδαίοι άνθρωποι των γραμμάτων, ανάμεσα τους ο Βιτσέντζος Κορνάρος, ο Γεώργιος Χορτάτζης και ίσως ο Δομήνικος Θεοτοκόπουλος. Τότε ήκμασε και η περίφημη Κρητική Σχολή Αγιογραφίας με κύριους εκπροσώπους τους Μιχαήλ Δαμασκηνό, Δομήνικο Θεοτοκόπουλο, Γεώργιο Κλώντζα και Θεοφάνη Κρη, ενώ ο Χάνδακας το 1600 είχε 200 ζωγράφους, αριθμός πολύ μεγάλος αναλογικά με τους 20000 κατοίκους του.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Οθωμανούς, αυτή η πορεία του χώρου διακόπηκε βίαια και το κτίριο μετατράπηκε στο Ζουλφιακάρ Αλί Τζαμί και λειτούργησε ως το 1922. Από το 1967 το κτίριο στεγάζει τη σπουδαιότερη έκθεση Βυζαντινών Εικόνων στην Κρήτη, με έργα των γνωστότερων αγιογράφων της εποχής (πχ Μιχαήλ Δαμασκηνός) αλλά και θρησκευτικών κειμηλίων, χειρογράφων, αμφίων, τοιχογραφιών της περιόδου 14ου-19ου αιώνα.
