Το κοινωφελές ίδρυμα «Λαογραφική Συλλογή Μυκόνου» θεμελιώθηκε το 1958 και περιλαμβάνει, εκτός από το κεντρικό κτήριο στο Κάστρο, το Αγροτομουσείο – «Μύλος του Μπόνη» και το «Σπίτι της Λένας». Το μεγαλύτερο μέρος της συλλογής βρίσκεται στο κτήριο του Κάστρου.
Το μουσείο αυτό έχει επτά αίθουσες.
Στην πρώτη αίθουσα μπορεί να θαυμάσει κανείς τις εξής συλλογές: κλειδιών και κλειδαριών, φωτιστικών σωμάτων, επίπλων και οικιακών σκευών, αντιγράφων μυκονιάτικων ενδυμασιών, κυκλαδικών καρεκλών και βενετσιάνικων σκρίνιων, μέτρων και σταθμών, επιτραπέζιων κεραμικών σκευών, νεοκυκλαδικών λιθόγλυπτων και επιγραφών, μυκονιάτικων υφαντών, λιθογραφιών και εικόνων, ταμάτων και μαρτυρικών, προϊστορικών εργαλείων και όπλων, γραμματοσήμων και νομισμάτων και, τέλος, παραδοσιακών σκουλαρικιών. Αξιοπρόσεκτο είναι και το αντίγραφο της φορεσιάς της Μυκονιάτισσας ηρωίδας Μαντώς Μαυρογένους
Η δεύτερη αίθουσα παρουσιάζει χειροτεχνήματα του δεύτερου μισού του 19ου αιώνα, έργα ζωγραφικής από Μυκονιάτες καλλιτέχνες, προσωπογραφίες σημαντικών Μυκονιατών, γκραβούρες με ποικίλα θέματα και λιθογραφίες. Ακόμη, εκτίθενται ποικίλα έπιπλα και λοιπά οικιακά αντικείμενα καθώς και λαϊκά μουσικά όργανα, σχολικά αντικείμενα και εγχειρίδια της σχολικής ζωής που χρησιμοποιούνταν ως τις αρχές του 20ου αιώνα. Αξίζει την προσοχή του επισκέπτη το αντόγραφο πολυθρόνας του Μυκονιάτη ήρωα- καπετάνιου Νικολάου Σουρμελή.
Στην τρίτη αίθουσα αναπαρίσταται μια τυπική κρεβατοκάμαρα του 19ου αιώνα με σιδερένιο κρεβάτι και καρυδένια ντουλάπα.
Στην τέταρτη αίθουσα παρουσιάζεται μια μυκονιάτικη κουζίνα πλήρως εξοπλισμένη με όλα της τα σκεύη και ποικίλα ομοιώματα χαρακτηριστικών μυκονιάτικων εδεσμάτων των Χριστουγέννων, του Πάσχα και των χοιροσφαγίων.
Στην πέμπτη αίθουσα βρίσκεται η βιβλιοθήκη του Μουσείου, η οποία περιλαμβάνει εκδόσεις από τον 16ο αιώνα ως τις μέρες μας.
Στην έκτη μικρή αίθουσα που οδηγεί στο κάτω επίπεδο, φιλοξενούνται όλα τα σύνεργα καλλωπισμού και γκραβούρες γύρω από την ένδυση της Μυκονιάτισσας των περασμένων αιώνων. Ακόμη, υπάρχει η συλλογή λαϊκής αγγειοπλαστικής, ξυλόγλυπτων και φιγουρών Καραγκιόζη (λαϊκό θέατρο σκιών).
Η έβδομη αίθουσα είναι αφιερωμένη στη Μύκονο και στη θάλασσα. Μια αίθουσα γεμάτη με παλιούς χάρτες, προπλάσματα, μινιατούρες από μπρίκια και τρεχαντήρια μαζί με όργανα μέτρησης της ναυτοσύνης όπως διόπτρες και βαρόμετρα, διαγράμματα και πορτολάνους, αλλά κι απομεινάρια πλοίων και ενθύμια, όπως και φωτογραφίες που αποτελούν σπουδαίο αρχειακό υλικό. Εκεί υπάρχει και το πηγάδι του θρυλικού πειρατή Μερμελέχα .
