Το κτίριο του Ιδρύματος χρονολογείται από το 17ου αι. Και πρόκειται για ένα Βενετσιάνικο κτήριο μοναδικού κάλους. Προσφέρει έναν μοναδικό χώρο για την παρουσίαση των συλλογών ενώ η λειτουργία του συμβάλλει σημαντικά στην προστασία του μνημείου.
Οι εκθεσιακοί χώροι του Μουσείου χωρίζονται σε πέντε (5) αίθουσες και περιλαμβάνουν κυρίως αντικείμενα της παραδοσιακής χειροτεχνίας και λαϊκής τέχνης προσφέροντας στον επισκέπτη μια μοναδική ευκαιρία να έλθει σε επαφή με τα λαογραφικά στοιχεία του τόπου από το 17ο αιώνα έως και σήμερα. Το Μουσείο διαθέτει σύγχρονα οπτικοακουστικά μέσα Ευρωπαϊκών μουσειακών προδιαγραφών καθώς και αίθουσα για εκπαιδευτικά προγράμματα, διαλέξεις, πολιτιστικές εκδηλώσεις,
Στην πρώτη αίθουσα ο επισκέπτης συναντά τα υφαντά που εκτίθενται και χρονολογούνται από τον 19ο και 20ο αιώνα. Είναι υφασμένα με λινάρι, βαμβάκι, μαλλί και μετάξι, ενώ διακρίνεται μεγάλη ποικιλία στην τεχνική και τα χρώματα.
Στην δεύτερη αίθουσα εκτίθενται αντικείμενα κεντητικής και κλώστινων δημιουργιών. Δύο κεντημένοι ποδόγυροι του 17ου και 18ου αιώνα είναι χαρακτηριστικά δείγματα της κεντητικής τέχνης της εποχής. Χαρακτηριστική είναι ωστόσο και η μοναδική συλλογή με τα έργα της Ρεθεμνιώτισσας Χρυσής Αγγελιδάκη που μεταφέρουν τον επισκέπτη σε μοναδικές δημιουργίες του 20ου αιώνα. Η Χρυσή Αγγελιδάκη χαρακτηρίστηκε για την προσπάθεια της να περάσει στο κέντημα του 20ου αιώνα το Ρεθεμνιώτικο υφαντό κέντημα εισάγοντας τα σχέδια που γνώριζε απο κιλίμια. Όλα τα εκθέματα παρουσιάζονται δείχνοντας τις μοναδικές κεντητικές τεχνικές της εποχής αλλά και τους λόγους χρήσης των καθώς τα κεντήματα συνόδευαν κυρίως την αστική προίκα στα τέλη και αρχές του 19ου και 20ου αιώνα.
Στην Τρίτη αίθουσα εκτίθενται αντικείμενα καλαθοπλεκτικής και κεραμικής καθώς και οι τρόποι και τα εργαλεία κατασκευής τους. Η τεχνική κατασκευής τους ποικήλει από τόπο σε τόπο ενώ δεν λείπουν και τα λαογραφικά στοιχεία τα οποία μαρτυρούν την ποιότητα ζωής αλλά και τους τρόπους και λόγους χρήσης των καλαθιών . Δεν λείπουν από την συλλογή τα αντικείμενα καθημερινής χρήσης όπως αγγεία για το νερό, για το κρασί και τη ρακή, ειδικά αγγεία για την τροφή, για το λάδι, για την κτηνοτροφία και διάφορες άλλες χρήσεις ενώ στην συγκεκριμένη ενότητα υπάρχει άλλη μια ενδιαφέρουσα συλλογή από κεραμικά είδη που χρησιμοποιούσαν στη μελισσοκομία.
Η τέταρτη αίθουσα είναι αφιερωμένη στις παραδοσιακές καλλιέργειες και το Ρεθεμνιώτικο παραδοσιακό “Ψωμί”. Εκεί ο επισκέπτης βρίσκει πλήθος απο παραδοσιακά εργαλεία της καλλιέργειας όπως και εργαλεία για το άλεσμα του καρπού και για το ζύμωμα και το φούρνισμα του ψωμιού.
Τέλος, στην αίθουσα πέντε παρουσιάζονται τα παραδοσιακά επαγγέλματα όπως αυτό του χαλκουργού, του σαμαροποιού, του πεταλωτή και του μαχαιροποιού τα οποία αποτελούν και χαρακτηριστικά επαγγέλματα της Κρήτης απο αυτή την εποχή καθώς συνοδεύουν και τον χώρο της τέχνης αλλά και της μουσικής ενίοτε.
