Το εκκλησιαστικό μουσείο της Ιεράς Mητροπόλεως Θεσσαλονίκης βρίσκεται στον ισόγειο χώρο του μητροπολιτικού μεγάρου το οποίο βρίσκεται δίπλα στον μητροπολιτικό ναό του αγίου Γρηγορίου του Παλαμά.
Η έμπνευση και στήριξη αυτού του έργου ανήκει στον μητροπολίτη Θεσσαλονίκης κ.κ. Άνθιμο ο οποίος έθεσε ως προτεραιότητα επί αρχιερατείας του στην Θεσσαλονίκη να δημιουργήσει μουσείο ανάλογο με το εκκλησιαστικό μουσείο που κατασκεύασε στην Ιερά Μητρόπολη Αλεξανδρουπόλεως. Η υλοποίηση του έργου ανατέθηκε στους διακεκριμένους καθηγητές Ματούλα Σκαλτσά και Πάνο Τζώνο, οι οποίοι με επιτελική ομάδα επιστημόνων που εργάστηκαν υπο την καθοδήγηση τους, συγκρότησαν ένα πρωτοποριακό εκκλησιαστικό μουσειακό χώρο αναγνωρισμένο στην ευρωπαϊκή μουσειακή κοινότητα.
Έτσι λοιπόν μέσα σε ένα μικρό χώρο καθώς δεν υπάρχουν διαθέσιμες μεγάλες κτιριακές υποδομές αποτυπώνεται στο χωροχρόνο η θεολογική διάσταση της εικόνας με άριστη αρχιτεκτονική και μουσειακή μελέτη μέσα απο πολυποίκιλα και πολυπληθή αξιόλογα εκθέματα. Η μοναδικότητα της διευθέτησης των εκθεμάτων στο χώρο σε συνδυασμό με τον ξεχωριστό ειδικό φωτισμό συνθέτουν το μεγαλείο της Ορθοδόξου παραδόσεως. Προβάλλεται η δογματική σημασία της εικόνας για το σώμα της Εκκλησίας, ο τρόπος που αποτυπώνεται στις εικόνες το μυστήριο της Θείας Ενανθρωπήσεως αλλά και ο τρόπος με τον οποίο ενισχύεται για τους πιστούς η ελπίδα της σωτηρίας. Συγχρόνως παρουσιάζεται και η νεώτερη ιστορία της μητροπόλεως Θεσσαλονίκης.
Τα εγκαίνια του εκκλησιαστικού μουσείου της Ι.Μ.Θ. ετέλεσε στις 27 Οκτωβρίου του 2006 ο μητροπολίτης Θεσσαλονίκης κ. Άνθιμος σε ειδική εκδήλωση παρουσία του τιμωμένου προσώπου του πρόεδρου της Δημοκρατίας κ. Κάρολου Παπούλια.
