To Εκκλησιαστικό Μουσείο της Ι. Μ. Αλεξανδρουπόλεως βρίσκεται στην πλατεία Μητροπόλεως. Ιδρύθηκε το 1976 από τον μητροπολίτη Αλεξανδρουπόλεως και νυν Θεσσαλονίκης κ.κ. Άνθιμο. Στεγάσθηκε μέχρι το 1982 σε δύο αίθουσες του Πνευματικού Κέντρου της Ιεράς Μητροπόλεως, παραπλεύρως του μητροπολιτικού ναού του αγίου Νικολάου και στη συνέχεια οι συλλογές του μεταφέρθηκαν στο διατηρητέο νεοκλασικό κτήριο της Λεονταριδείου Σχολής (πρώην σχολή αρρένων)
Το 1998 το μουσείο ανέστειλε προσωρινά τη λειτουργία του για να γίνουν εργασίες συντήρησης του κτηρίου και των εκθεμάτων ώστε να παρουσιάζονται με νέο πλέον μουσειολογικό σκεπτικό. Άνοιξε ξανά τις πύλες του τον Μάϊο του 2000 με τα εγκαίνια του να τελούνται από τον ίδιο τον Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, κ.κ. Βαρθολομαίο.
Η συλλογή του Εκκλησιαστικού Μουσείου περιλαμβάνει εκατοντάδες πολύτιμα κειμήλια εκκλησιαστικής τέχνης: ιερατικά άμφια, λειτουργικά σκεύη, ξυλόγλυπτα έπιπλα, παλαίτυπα κ.ά. Οι συλλογές αυτές προέρχονται κυρίως, από τις δύο όχθες του Έβρου και χρονολογούνται από τον 16ο αι. έως τον 20ο αι. Σε ιδιαίτερη θέση, λόγω της ιστορικής σημασίας τους βρίσκονται τα προσφυγικά κειμήλια, που μετέφεραν οι κάτοικοι της Αίνου κατά την ανταλλαγή πληθυσμών το 1922.
Η συλλογή του μουσείου φιλοξενείται σε οκτώ αίθουσες-ενότητες στο ισόγειο και τον πρώτο όροφο του κτηρίου.
Ισόγειο
Στην πρώτη αίθουσα παρουσιάζεται η σχέση της Εκκλησίας με την Παιδεία και την Κοινωνία στην ευρύτερη περιοχή της Θράκης.
Στη δεύτερη αίθουσα, φιλοξενούνται συλλογές ξυλογλυπτικής και ιερά σκεύη της.
Στην τρίτη αίθουσα υπάρχουν ιερατικά άμφια, καλυμμάτα της Αγίας Τράπεζας και των ιερών σκευών και διακοσμητικά πέπλων στολισμού των ναών. Σε περίοπτη θέση εκτίθενται τα χρυσοκέντητα άμφια γνωστών ιεραρχών με εθνική δράση στην περιοχή της Αίνου, όπως αυτά του πρώην Μητροπολίτου Αίνου, Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Ανθίμου Τσάτσου.
Α΄ όροφος
Στην τέταρτη αίθουσα, βρίσκονται εικόνες και σύγχρονα αγιογραφικά δείγματα που περιγράφουν τα στάδια αγιογράφησης των εικόνων.
Στην πέμπτη αίθουσα παριστάνονται οι βασικές διαφορές μεταξύ ορθόδοξης και δυτικής αγιογραφίας, καθώς και η δημιουργική αφομοίωση στοιχείων από τη δεύτερη στην πρώτη.
Στην έκτη αίθουσα, ο επισκέπτης βρίσκει συγκεντρωμένο τον πλούτο των εικονογραφικών τύπων της ορθόδοξης αγιογραφίας.
Στην έβδομη αίθουσα παρουσιάζεται η θριαμβεύουσα Εκκλησία και η οργάνωση της Ιεραρχίας.
Η επίσκεψη ολοκληρώνεται στην όγδοη αίθουσα όπου γίνεται αφαιρετική ανασύσταση ναού και συγκεντρώνονται σημαντικά εκθέματα από την Αγία Κυριακή Αίνου Ανατολικής Θράκης και ερμηνεύεται η τάξη και η λειτουργία τους.
Η τεκμηρίωση, η μελέτη και η παρουσίαση των συλλογών έγινε από τους διακεκριμένους μουσειολόγους κ. Πάνο Τζώνο, καθηγητή της Αρχιτεκτονικής και κα Ματούλα Σκαλτσά, καθηγήτρια της Ιστορίας της Τέχνης και της Μουσειολογίας.
Στο Εκκλησιαστικό Μουσείο Αλεξανδρουπόλεως πραγματοποιούνται Εκπαιδευτικά Προγράμματα από το 2007 για μαθητές όλων των τάξεων της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. H συμμετοχή των μαθητών στα εκπαιδευτικά προγράμματα του Μουσείου κοστίζει 2€ ανά άτομο. Η συμμετοχή στα Εκπαιδευτικά Προγράμματα γίνεται κατόπιν τηλεφωνικής επικοινωνίας και συνεννόησης με την Γραμματεία του Μουσείου. Παράλληλα ο χώρος προσφέρεται για παιχνίδι και ψυχαγωγία κάθε Σάββατο πρωί, με την μορφή εργαστηρίου για παιδιά προσχολικής, κυρίως, ηλικίας.
