Βρίσκεται στην καρδιά του ιστορικού κέντρου του Ρεθύμνου και στεγάζεται στην βενετσιάνικη εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου. Τα ευρήματα που εκτίθενται στο χώρο του Μουσείου χρονολογούνται από τη νεολιθική εποχή μέχρι την εποχή της ρωμαϊκής κυριαρχίας.
Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από σπηλιές, οικισμούς και νεκροταφεία της μινωικής εποχής, καθώς και αντικείμενα από τις γεωμετρικές, αρχαϊκές, κλασικές, ελληνιστικές και ρωμαϊκές εποχές που έφεραν στο φως αρχαιολόγοι κατά τις ανασκαφές στις αρχαίες πόλεις και τους οικισμούς από την ευρύτερη περιοχή.
Μερικά από τα σπουδαιότερα εκθέματα είναι το κράνος που καλύπτεται από δόντια αγριόχοιρου, οι λειψανοθήκες από το υστερομινωικό νεκροταφείο των Αρμένων, το άγαλμα της Αφροδίτης από την Αργυρούπολη, οι σφραγίδες και οι συλλογές χρυσών κοσμημάτων και νομισμάτων.
