Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ιωαννίνων (Α.Μ.Ι. στη συνέχεια) βρίσκεται στο κέντρο της πόλεως των Ιωαννίνων, της σύγχρονης πρωτεύουσας της Ηπείρου, σε γήπεδο ιδιοκτησίας του ΥΠ.ΠΟ. και σε περίοπτη θέση στον επονομαζόμενο λόφο Λιθαρίτσια. Το Α.Μ.Ι. οικοδομήθηκε τη δεκαετία του 1960 (1963-1966) σύμφωνα με την αρχιτεκτονική μελέτη του επιφανούς Έλληνα αρχιτέκτονα Άρη Κωνσταντινίδη.
Ο κύριος σκοπός της ανέγερσης του Α.Μ.Ι. ήταν να στεγάσει τους αρχαιολογικούς θησαυρούς της Ηπείρου από την αρχαιότητα έως και τους μεταβυζαντινούς χρόνους, καθώς και τη συλλογή έργων Ελλήνων ζωγράφων του 19ου και 20ου αι., δωρεάς του Συλλόγου οι «Φίλοι των Ιωαννίνων».
Για αρκετά χρόνια το κτιριακό συγκρότημα του Α.Μ.Ι. ήταν η έδρα των τότε Εφορειών Κλασικών και Βυζαντινών Αρχαιοτήτων. Μόλις το 1999 επιτεύχθηκε η αποκλειστική χρήση του Α.Μ.Ι. τόσο για την έκθεση των ευρημάτων αρμοδιότητας της ΙΒ’ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων (Ε.Π.Κ.Α.) όσο και της λειτουργίας της.
Η οριστική εκκένωση των χώρων που κατελάμβαναν τα εργαστήρια συντήρησης της 8ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων έγινε το 1992, έτος μετεγκατάστασης και των βυζαντινών εκθεμάτων (βλ. παρακάτω) στο νέο Βυζαντινό Μουσείο της πόλης. Το 1999 απομακρύνθηκαν και τα εικαστικά έργα της λεγόμενης «Πινακοθήκης» μέρος των οποίων σήμερα κοσμεί τη Δημοτική Πινακοθήκη Ιωαννίνων.
Το 1970 άνοιξαν οι πύλες του Α.Μ.Ι. για το κοινό με τη μόνιμη έκθεση διαχρονικού χαρακτήρα και την εκθεσιακή προσέγγιση που υπαγόρευαν οι τότε συνθήκες και αντιλήψεις. Την έκθεση των προϊστορικών και κλασικών αρχαιοτήτων επιμελήθηκε η αείμνηστη Ιουλία Βοκοτοπούλου, ενώ εκείνη των βυζαντινών και μεταβυζαντινών ευρημάτων καθώς και της «Πινακοθήκης» έγινε από την τότε 5η ΕΒΑ.
Από τις πέντε συνολικά αίθουσες του Α.Μ.Ι. μόνον δύο (καθώς και ο ευρύχωρος κεντρικός διάδρομος) φιλοξένησαν έργα της ελληνικής και ρωμαϊκής αρχαιότητας από τις σημαντικότερες ως τότε γνωστές αρχαιολογικές θέσεις της Ηπείρου (π.χ. Δωδώνη, Κασσώπη, Νεκρομαντείο, Βίτσα) ή άλλα μεμονωμένα ευρήματα (π.χ. θησαυρός χαλκών αντικειμένων Καταμάχης, σαρκοφάγος από το Λαδοχώρι Θεσπρωτίας). Επίσης, ορισμένα ευρήματα, κυρίως αρχιτεκτονικά μέλη, τοποθετήθηκαν στα εγκιβωτισμένα στον κάναβο του κτιρίου αίθρια.
Σήμερα, παραμένει σχεδόν ως είχε η αρχική αυτή έκθεση, το πνεύμα και το στίγμα της οποίας, όπως το διατύπωσε η Ιουλία Βοκοτοπούλου στο μοναδικό οδηγό του Α.Μ.Ι. που εκδόθηκε ποτέ, έχει Πανηπειρωτικό χαρακτήρα. Στην πορεία των χρόνων και με τη σταδιακή διαθεσιμότητα και των υπολοίπων αιθουσών του Α.Μ.Ι. η έκθεση των πολιτισμικών καταλοίπων της αρχαιότητας επεκτάθηκε και εκεί εκτός της αίθουσας Δ.
Η αναφορά στις αίθουσες του Α.Μ.Ι. με γράμματα της ελληνικής αλφαβήτου χρησιμοποιείται στο παρόν κείμενο για να δηλώσει την υφιστάμενη χωροταξία]. Η αίθουσα Δ από το 1992 λειτουργεί ως χώρος καταγραφής του συνεχούς διογκούμενου πλήθους αρχαίων τα οποία έρχονται στο φως από τις ανασκαφές που διεξάγει και τα μεγάλα έργα που εποπτεύει η ΙΒ’ Ε.Π.Κ.Α. στους τέσσερις νομούς αρμοδιότητάς της. Σε μέρος της αίθουσας Δ στεγάζονται προσωρινά διοικητικές υπηρεσίες της Εφορείας.
Στη δεκαετία του 1980 στην αίθουσα Γ τοποθετήθηκαν ευρήματα από νεώτερες ανασκαφές (π.χ. Τύμβοι Πωγωνίου, Δουρούτη) καθώς και η δωρηθείσα Συλλογή Μελά με έργα της ελληνικής αρχαιότητας. Σημαντική προσθήκη (1996) στην υφιστάμενη έκθεση αποτελεί η με σύγχρονη μουσειογραφική προσέγγιση παρουσίαση των ευρημάτων από το Νεκροταφείο Λιατοβουνίου (Κόνιτσα) σε προθήκη εντός του κεντρικού διαδρόμου. Παράλληλα, κατά τη δεκαετία του 1990 διοργανώθηκαν στο Α.Μ.Ι. ποικίλου ενδιαφέροντος εκδηλώσεις και περιοδικές εκθέσεις (π.χ. Αρχαία Μουσικά Όργανα).
Στην αίθουσα Ε, και εν όψει της προσωρινής διακοπής της λειτουργίας του Α.Μ.Ι., τον Ιούλιο του 2001 εγκαινιάσθηκαν από τον Υπουργό Πολιτισμού οι εξής δύο περιοδικές εκθέσεις: «Θησαυροί της Αμβρακίας – Στα ίχνη της πρωτεύουσας του Βασιλιά Πύρρου» και «Νεολιθική Ήπειρος».
Σκοπός αυτών των εκθέσεων είναι οι επισκέπτες του Α.Μ.Ι. να γίνουν αφενός κοινωνοί των θησαυρών μίας εκ των πιο σημαντικών πόλεων της ακμής της Ηπείρου κατά την Αρχαιότητα και οι οποίοι δεν είχαν ποτέ ως τώρα εκτεθεί ως οργανωμένο σύνολο στο Α.Μ.Ι., και να γνωρίσουν αφετέρου τα ευρήματα των πιο πρόσφατων ερευνών που για πρώτη φορά τεκμηριώνουν την πολιτισμική φυσιογνωμία της Νεολιθικής στην Ήπειρο.
