Το Μουσείο ιδρύθηκε με τον επίσημο τίτλο «Μουσείο Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων» στις 10 Ιουνίου του 1941 και λειτούργησε σαν Ειδική Στρατιωτική Υπηρεσία με συνολική δύναμη 6 μονίμων Αξκων και 13 ιδιωτών διαφόρων ειδικοτήτων. Το κυριότερο μέρος της αποστολής της υπηρεσίας αυτής που λειτούργησε σε όλο το διάστημα της ξενικής κατοχής (1941-44) ήταν η περισυλλογή και διαφύλαξη των εχόντων κειμηλιακή μορφή και αξία αντικειμένων και υλικών που υπήρχαν στους διαφόρους χώρους και αίθουσες της Σχολής, συμπεριλαμβανομένων του Ηρώου (της κεντρικής πλατείας) και του ανδριάντα του ευέλπιδος Ρωσσέτη Σκαρλάτου.
Στους χώρους του μπορεί να παρατηρήσει κανείς αξιόλογα εκθέματα, κάποια από τα οποία είναι μοναδικά σε παγκόσμιο επίπεδο. Τα όπλα που υπάρχουν, είτε χρησιμοποιήθηκαν από τον Ελληνικό Στρατό είτε είναι λάφυρα, ενώ υπάρχουν ακόμα θρησκευτικά κειμήλια, ιδιωτικές συλλoγές, μετάλλια, γεωδαιτικά όργανα και πίνακες ζωγραφικής.
Αναλυτικά οι συλλογές του μουσείου:
Οπλισμός ο οποίος αποτελείται από:
Άλλα εκθέματα είναι:
Στους χώρους του μουσείου υπάρχει και ιστορική βιβλιοθήκη, η οποία περιλαμβάνει ιστορικά έγγραφα της Σχολής από την περίοδο του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου που αφορούν στους ευέλπιδες που πολέμησαν στη Μάχη της Κρήτης, χάρτες και φωτογραφίες από τη ζωή των ευέλπιδων, λευκώματα τάξεων καθώς και διδαχθέντα στη Σχολή εγχειρίδια.