Το κτίριο που στεγάζει σήμερα το Ναυτικό και Ιστορικό Μουσείο Γαλαξειδίου κτίστηκε το 1870 και χρησιμοποιήθηκε αρχικά ως Δημαρχείο.
Η ιδέα της δημιουργίας τοπικής συλλογής αντικειμένων σχετικών με την ιστορία του Γαλαξειδίου γεννήθηκε το 1928 από τον γιατρό Ευθύμιο Κ. Βλάμη, ο οποίος διετέλεσε Δήμαρχος και Κοινοτάρχης του Γαλαξειδίου.
Στις συχνές ιατρικές επισκέψεις του στα γαλαξειδιώτικα σπίτια, έβλεπε τα πορτρέτα των καραβιών της οικογένειας και σκέφτηκε πως άξιζε να συγκεντρωθούν με στόχο τη δημιουργία Μουσείου.
Άρχισε να ζητά τους πίνακες ιστιοφόρων και άλλων ναυτικών αντικειμένων από τους Γαλαξειδιώτες οι οποίοι και ανταποκρίθηκαν με μεγάλη προθυμία.. Έτσι τα κειμήλια που για χρόνια στόλιζαν τα σπίτια τους, ζωγραφικοί πίνακες ιστιοφόρων, εξαρτήματα καραβιών, ναυτιλιακά όργανα, ναυτικά εργαλεία, ημερολόγια καταστρώματος, ναυτικοί χάρτες κ.α., αποτέλεσαν τον βασικό πυρήνα της Ναυτικής Συλλογής του Μουσείου, που έγινε το πρώτο Ναυτικό Μουσείο της Ελλάδος.
Το 1932, η δραστήρια «΄Ενωσις Νέων Γαλαξειδίου» δημιούργησε την Αρχαιολογική Συλλογή του Μουσείου, η οποία περιλάμβανε ευρήματα από ανασκαφές της αρχαιολογικής υπηρεσίας καθώς και τυχαία ευρήματα. Το 1962, συγκεντρώθηκε όλο το υλικό των συλλογών στη τοτε μεγάλη αίθουσα του κτηρίου.
Ο γαλαξειδιώτης ζωγράφος Σπύρος Βασιλείου κλήθηκε να επιστατήσει προσωπικά στην ανάρτηση των πινάκων και στην τοποθέτηση των ναυτικών αντικειμένων. Εκείνη την εποχή διορίστηκε Επιμελητής του Μουσείου ο Πλοίαρχος Αθ. Μπομπογιάννης Ε.Ν., ο οποίος και έκανε την πρώτη καταγραφή των εκθεμάτων.
Από το 1974, Έφορος και ψυχή του Μουσείου έγινε – εθελοντικά – η λαογράφος Ροδούλα Σταθάκη – Κούμαρη, η οποία πραγματοποίησε νέα καταγραφή και περιγραφή όλων των αντικειμένων και προχώρησε στα πρώτα βήματα συντήρησης με την βοήθεια ειδικών.
Το 1980, μετά τη μεταφορά των γραφείων του κοινοτικού Καταστήματος σε άλλο κτήριο, για πρώτη φορά υπάρχει ιδιαίτερη αίθουσα για την Αρχαιολογική Συλλογή ενώ τοποθετούνται και τα ευρήματά της σε νέες προθήκες από τον τότε Έφορο Αρχαιοτήτων Δελφών καθηγητή Πέτρο Θέμελη.
Το 2000, το ίδρυμα «Σταύρος Σ. Νιάρχος», χάρη στο ενδιαφέρον του καθηγητή Νικ. Β. Καρατζά, πραγματοποίησε σημαντική χορηγία για τη συντήρηση εκθεμάτων και τη ριζική αποκατάσταση και ανακαίνιση του διατηρητέου κτιρίου του Μουσείου. Τα αντικείμενα των συλλογών τοποθετήθηκαν στη νέα θέση τους με την επιστημονική επίβλεψη του καθηγητή Π. Βαλαβάνη και της λαογράφου Ρ. Σταθάκη – Κούμαρη. Οι εργασίες ολοκληρώθηκαν το 2002 επί Δημαρχίας Δημ. Κουτονιά και το Μουσείο πήρε τη σημερινή του ονομασία «Ναυτικό και Ιστορικό Μουσείο Γαλαξειδίου». Τα εγκαίνια του νέου Μουσείου πραγματοποιήθηκαν στις 19 Ιουνίου 2004 επί Δημαρχίας Νικ. Γουργουρή.
Σήμερα, το «Ναυτικό και Ιστορικό Μουσείο Γαλαξειδίου» αποτελεί παράδειγμα εξαίρετης τοπικής πρωτοβουλίας, συγκεντρώνοντας στους χώρους του σημαντικά αρχαιολογικά ευρήματα καθώς και μια από τις πλουσιότερες συλλογές ναυτικών πινάκων και αντικειμένων στην Ελλάδα.
