Το Μουσείο Προϊστορικής Θήρας είναι μοναδικό στο είδος του Περιφερειακό Μουσείο. Φιλοξενεί ευρήματα που προέρχονται από τις ανασκαφές της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας στο Ακρωτήρι, από τις παλαιές ανασκαφές του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου στη θέση Ποταμός, από τις ανασκαφές της ΚΑ΄ Εφορείας Αρχαιοτήτων σε διάφορες θέσεις της Θήρας, από περισυλλογές και παραδόσεις. Με την έκθεση γίνεται μια προσπάθεια να σκιαγραφηθεί η πορεία της Θήρας στους Προϊστορικούς χρόνους μέσω επιλεγμένων ευρημάτων από τις χιλιάδες που υπάρχουν στις αποθήκες, μια πορεία δυναμική και δημιουργική που κατέστησε το νοτιότερο νησί των Κυκλάδων ένα από τα σπουδαιότερα αιγαιακά κέντρα κατά τον 18ο και 17ο αιώνα π.Χ.
Το Μουσείο μπορεί να θεωρηθεί ως προέκταση του αρχαιολογικού χώρου του Ακρωτηρίου, αφού στεγάζει τις τοιχογραφίες αλλά και τα κινητά ευρήματα του αστικού αυτού κέντρου στην περίοδο της μεγάλης ακμής του (17ος αι. π.Χ.). Παράλληλα φιλοξενεί ευρήματα από πολλές άλλες θέσεις της Θήρας που χρονολογούνται από την 5η χιλιετία π.Χ. (Νεώτερη Νεολιθική περίοδος) ως τον 17ο αι. π.Χ. και δείχνουν το πέρασμα των ποικίλων πολιτισμών από το Αιγαίο σε μια μακρά περίοδο της προϊστορίας. Αξιοσημείωτο είναι και το γεγονός ότι όλα τα εκθέματα είναι σε εξαιρετική κατάσταση διατήρησης.
Η μόνιμη έκθεση του μουσείου στεγάζεται στο δεύτερο όροφο του κτηρίου (τρίτη στάθμη), εμβαδού 600 τ.μ., ενώ ο πρώτος όροφος (δεύτερη στάθμη) στεγάζει περιοδικές εκθέσεις, που παρέχουν τη δυνατότητα να ανακυκλώνεται το πολυπληθές υλικό των αποθηκών που καταλαμβάνουν το ισόγειο του κτηρίου (πρώτη στάθμη).
Ιστορικό
Η ιδέα για την ανέγερση τοπικού Μουσείου αποκλειστικά για τα ευρήματα των ανασκαφών του Ακρωτηρίου ανήκει στον ανασκαφέα του προϊστορικού οικισμού, καθηγητή Σπυρίδωνα Μαρινάτο. Το οικόπεδο δωρήθηκε από το Νομίκειο Ξενοδοχείο του Ευάγγελου Νομικού, υπό τον όρο ότι εντός πενταετίας θα κτιζόταν το Μουσείο. Τα σχέδια του κτηρίου έγιναν από τον αρχιτέκτονα Ιωάννη Κουμανούδη και η ανέγερσή του ξεκίνησε στις αρχές της δεκαετίας του 1970. Μετά από διακοπή των εργασιών για ένα διάστημα, το κτήριο ολοκληρώθηκε στις αρχές της δεκαετίας του 1980, οπότε το παρέλαβαν οι υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού και ξεκίνησε η μελέτη για την έκθεση των ευρημάτων. Τότε εντοπίστηκαν και τα λειτουργικά, κυρίως, προβλήματα του κτηρίου, και συντάχθηκε προμελέτη για λογαριασμό της Αρχαιολογικής Εταιρείας από την αρχιτέκτονα Αγνή Κουβελά, η οποία τελικά δεν εγκρίθηκε.
Τελικά, ύστερα από αλλαγές που έγιναν με την ευθύνη και επίβλεψη των Διευθύνσεων Μελετών Μουσείων και Εκτελέσεως Έργων Μουσείων του Υπουργείου Πολιτισμού, το κτήριο παραδόθηκε στην ΚΑ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων το 1998-1999. Τον Αύγουστο του 1999 διατέθηκαν στην Εφορεία και οι σχετικές πιστώσεις για την οργάνωση της έκθεσης, η οποία άρχισε αμέσως και περατώθηκε σε οκτώ μήνες. Ο δεύτερος όροφος διαμορφώθηκε κατάλληλα από την κ. Αγνή Κουβελά, ώστε να ανταποκρίνεται στις ανάγκες ενός σύγχρονου μουσείου.
Σημαντική εργασία ήταν η επιστροφή στη Θήρα της πλειονότητας των ευρημάτων του Ακρωτηρίου που φιλοξενούνταν στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, ενώ παράλληλα έγιναν εργασίες συντήρησης αυτών και των υπολοίπων εκθεμάτων.
Το Μουσείο Προϊστορικής Θήρας εγκαινιάστηκε το Μάρτιο του 2000, από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας, κ. Κωνσταντίνο Στεφανόπουλο.
