Το Μουσείο Ιστορίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών στεγάζεται στο κτήριο που είναι γνωστό ως «Οικία Κλεάνθους» ή «Παληό Πανεπιστήμιo». Η ιστορία του κτηρίου χάνεται πολύ πριν από το 18ο αιώνα, καθιστώντας το τελευταίο ένα από τα ελάχιστα σωζόμενα κτήρια της προ-οθωνικής περιόδου.
Το 1831, το κτήριο αγόρασαν οι Σταμάτιος Κλεάνθης και Εδουάρδος Σάουμπερτ, οι οποίοι ανέλαβαν πρώτοι τον πολεοδομικό σχεδιασμό της πρωτεύουσας της Ελλάδος. Στον ίδιο χώρο, από το 1837 και για τέσσερα χρόνια, λειτούργησε το Πανεπιστήμιο Αθηνών, το πρώτο Πανεπιστήμιο του ανεξάρτητου ελληνικού κράτους, της Βαλκανικής Χερσονήσου και της ευρύτερης περιοχής της Ανατολικής Μεσογείου. Πριν στεγάσει το Μουσείο (1987, επί πρυτανείας Μιχάλη Σταθόπουλου),το κτήριο λειτούργησε ως κατοικία, χώρος εργασίας, γυμνάσιο, διδασκαλείο, στρατώνας πεζικού, ταβέρνα, κατοικία προσφύγων και μεταναστών.
Στη μόνιμή του έκθεση περιλαμβάνονται σπάνια βιβλία, χειρόγραφα, επιστημονικά όργανα, προσωπογραφίες των καθηγητών του Πανεπιστημίου, φωτογραφίες, μετάλλια, σφραγίδες και άλλα ενθυμήματα και κειμήλια της ζωής του Πανεπιστημίου από την έναρξη της λειτουργίας του. Στην σημερινή εποχή το Μουσείο Ιστορίας καλείται να πρωταγωνιστήσει ξανά σε ένα σύγχρονο ρόλο, εναρμονίζοντας την λειτουργία του με νέες μουσειακές πρακτικές. Βασική επιδίωξη του ΜΙΠΑ είναι να ενταχθεί πληρέστερα σε ένα σύγχρονο πλαίσιο λειτουργίας, με εμφανή τα σημεία εξωστρέφειας προς το δυνάμει κοινό του.
Το Μουσείο οργανώνει καθημερινά εκπαιδευτικά προγράμματα για σχολικές ομάδες, ξεναγήσεις για ομάδες ενηλίκων, καθώς και δραστηριότητες για οικογένειες τα Σαββατοκύριακα. Σε όλη τη διάρκεια του χρόνου φιλοξενεί συνέδρια, ημερίδες, διαλέξεις, σεμινάρια, περιοδικές εκθέσεις, κ.ά. Από το Μάιο έως τον Οκτώβριο φιλοξενεί στις εξωτερικές του αυλές, θεατρικές και μουσικές παραστάσεις.
