Το Κρατικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης ιδρύθηκε το 1997 και στεγάζεται στη βορειο-ανατολική πτέρυγα του συγκροτήματος της Μονής Λαζαριστών στη Σταυρούπολη Θεσσαλονίκης. Πυρήνας των συλλογών αλλά και των εκθέσεων του Μουσείου αποτελεί η Συλλογή Κωστάκη.
Η Συλλογή Κωστάκη είναι αντιπροσωπευτική όλων των ρευμάτων και τάσεων της Ρωσικής Πρωτοπορίας, μιας από τις πιο ρηξικέλευθες και ενδιαφέρουσες περιόδους της παγκόσμιας τέχνης που άνθισε στη Ρωσία στις τρεις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα.
Ο συλλέκτης Γιώργος Κωστάκης (1913-1990), γεννήθηκε στη Μόσχα από ελληνική οικογένεια. Χάρη στην ορθή του κρίση και στην αγάπη του για τις τέχνες, σε μια περίοδο απόλυτης κυριαρχίας του σοσιαλιστικού ρεαλισμού, ο Κωστάκης αγόραζε έργα ρωσικής πρωτοπορίας, με αποτέλεσμα σήμερα η συλλογή του να είναι από τις σημαντικότερες στον κόσμο.
Η συλλογή στο Κ.Μ.Σ.Τ. απαρτίζεται από 1277 έργα τέχνης (πίνακες ζωγραφικής, σχέδια, κατασκευές, κεραμικά κ.ά.) και ένα πλούσιο αρχείο σημαντικών καλλιτεχνών της Ρωσικής Πρωτοπορίας, όπως οι Kazimir Malevich, Vasilii Kandinsky, Liubov Popova, Vladimir Tatlin, Aleksandr Rodchenko, Ivan Kliun, Solomon Nikritin, Olga Rozanova, Varvara Stepanova, Nadezhda Udaltsova, Mikhail Matiushin, Gustav Klutsis και πολλών άλλων.Η συλλογή αγοράστηκε από το Ελληνικό Δημόσιο το Μάρτιο του 2000 και με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού περιήλθε στο Κρατικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης. Συγχρόνως το μουσείο διαθέτει και μια αξιόλογη συλλογή έργων σύγχρονων Ελλήνων και ξένων εικαστικών δημιουργών.
Τα χρόνια της λειτουργίας του, το Κ.Μ.Σ.Τ. έχει αναπτύξει μια εκτεταμένη εκθεσιακή δραστηριότητα με τη διοργάνωση μεγάλων εκθέσεων, τις συνεργασίες-συμπαραγωγές εκθέσεων με μουσεία μοντέρνας τέχνης του εξωτερικού και της Ελλάδας, την έκδοση ειδικών καταλόγων, τη διοργάνωση διεθνών επιστημονικών συνεδρίων, το σχεδιασμό και τη λειτουργία ειδικών ιστοσελίδων και εκπαιδευτικών προγραμμάτων.
Σήμερα αποτελεί πλέον έναν σημαντικότατο θεσμό για την υποδοχή και προβολή του σύγχρονου πολιτισμού μέσα από τον προγραμματισμό του ο οποίος αναπτύσσεται σε έξι βασικούς θεματικούς άξονες:
Στην Αποθήκη Β1 στο Λιμάνι της Θεσσαλονίκης στεγάζεται ο δεύτερος εκθεσιακός χώρος του Κ.Μ.Σ.Τ., όπου αναπτύσσονται κυρίως οι δραστηριότητες του Κέντρου Σύγχρονης Τέχνης Θεσσαλονίκης το οποίο αποτελεί Κτμήμα του Κ.Μ.Σ.Τ.
Στους εκθεσιακούς χώρους του Κ.Μ.Σ.Τ. (Μονή Λαζαριστών & Αποθήκη Β1 στο Λιμάνι Θεσσαλονίκης), φιλοξενούνται καθόλη τη διάρκεια του χρόνου περιοδικές εκθέσεις σύγχρονης τέχνης.
Πυρήνας των περιοδικών εκθέσεων αποτελούν τα έργα της συλλογής Κωστάκη, επιλογή των οποίων εκτίθεται στο κοινό σε θεματικές εκθέσεις, αλλά και εκθέσεις με έργα σύγχρονων καλλιτεχνών από την Ελλάδα και το εξωτερικό.
Το Κ.Μ.Σ.Τ έχει επίσης να επιδείξει μία σειρά από συνεργασίες με μουσεία μοντέρνας και σύγχρονης τέχνης του εξωτερικού, τόσο στη βάση δανεισμού έργων της συλλογή Κωστάκη, όσο και με συμπαραγωγές εκθέσεων.