Αξιόλογο κτίσμα με ιστορική και αρχιτεκτονική αξία, που βρίσκεται στα δυτικά της οδού Φιλικής Εταιρείας στην Κομοτηνή. Μάλλον πρόκειται για έργο των Ελλήνων χτιστών. Σύμφωνα με παλιά τοπική παράδοση στο σημείο αυτό υπήρχε ναός της Αγίας Σοφίας, που πιθανότατα ταυτίζεται με το μετόχι της Σιμωνόπετρας του Αγίου Όρους, το οποίο μνημονεύεται στο χρυσόβουλο του Σέρβου ηγεμόνα Ιωάννη Ούγγλεση (1370). Φαίνεται ότι τμήματα του ναού ενσωματώθηκαν στο κτίσμα του Ιμαρέτ (Πτωχοκομείο) που ίδρυσε στην Κομοτηνή ο πορθητής της, εξισλαμισμένος χριστιανός, Γαζί Εβρενός Μπέη (1363) με έσοδα μάλιστα από ένα τσιφλίκι παραθαλάσσιο με Βούλγαρους κολλήγους (στη θέση του σημερινού χωριού Ίμερος).
Επί Βουλγάρων είχε μετατραπεί σε παρεκκλήσι, όπως εiχε μετατραπεί σε εκκλησία και το παρακείμενο Εσκί Τζαμί. Και το μεν τζαμί αργότερα αποδόθηκε από την Ελληνική Πολιτεία στους μουσουλμάνους της πόλης. Η λειτουργία του Ιμαρέτ συνεχίστηκε μέχρι το 1913.
Η ιστορία του Μουσείου κρατάει από την αρχή τής ποιμαντορίας του (προηγούμενου) Μητροπολίτη Τιμοθέου, περί τα σαράντα χρόνια πριν. Τότε για πρώτη φορά ξεκίνησε ή δημιουργία της συλλογής εικόνων και εκκλησιαστικών κειμηλίων της περιοχής, η οποία πρωτοστεγάστηκε στο παρεκκλήσι της Μητροπόλεως και αργότερα στην Εκκλησιαστική Στέγη “Οι Τρεις Ιεράρχες”. Από την ίδια εποχή χρονολογείται και το ενδιαφέρον τής Μητροπόλεως για το κτίσμα όπου φιλοξενείται σήμερα το Μουσείο. Μέσω του Δήμου και της ΔΕΗ κατέληξε τελικά στην Ιερά Μητρόπολη Μαρωνείας. Τα τελευταία χρόνια και με χρήματα από την Ευρωπαϊκή Ένωση το κυρίως κτίσμα στερεώθηκε και αναπαλαιώθηκε όπως και τα δύο παρακείμενα (Ι9ου και αρχών του 20ου αιώνα), κατεδαφίστηκαν τα νεώτερα πρόσθετα κτίσματα και διαμορφώθηκε ο περιβάλλων χώρος. Όλη η εργασία αυτή έγινε με την επιστημονική ευθύνη της Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Καβάλας (προϊστάμενος ο κ. Ν. Μπακιρτζής) και με μέριμνα της Ιεράς Μητροπόλεως.
Σήμερα λειτουργεί ως μουσείο με εκκλησιαστικά εκθέματα (τα οποία χρονολογούνται από το 16ο έως τον 20ο αιώνα) όπως εικόνες, ιερά σκεύη, άμφια, χειρόγραφα από ναούς της περιοχής αλλά και δωρεές προσφύγων που εγκαταστάθηκαν στην περιοχή της Ροδόπης.
Περιέχει αξιόλογα αντικείμενα, εκκλησιαστικής κυρίως προέλευσης, όπως παλιές εικόνες, τέμπλα, άμφια, εκκλησιαστικά σκεύη, βιβλία και άλλα εκκλησιαστικά κειμήλια τα οποία προέρχονται είτε από τον τόπο μας είτε από τους πρόσφυγες πού συνέρευσαν στη Ροδόπη ξεριζωμένοι από τη Μικρασία, τον Πόντο, την Ανατολική Θράκη. Από την Βόρεια Θράκη δεν υπάρχουν εκθέματα, μια που οι Βούλγαροι δεν αφήσανε τους πρόσφυγες να τα πάρουν μαζί τους αλλά τα κρατήσανε στη Βουλγαρία και βεβαίως σήμερα τα εκθέτουν εκεί. Από τη μεριά της Τουρκίας καθώς δεν υπήρχε κανένα ενδιαφέρον γι αυτά, επετράπη στους πρόσφυγες να τα φέρουν μαζί τους. Υπάρχει λοιπόν τέμπλο ολόκληρο από την Τραπεζούντα, το οποίο κατέληξε στην Κομοτηνή μέσω Σαππών και Κασσιτερών, υπάρχει μεγάλη ποικιλία εκθεμάτων από το Σαμάκοβο της Αν. Θράκης, καθώς και αναμνηστικά από τη νεότερη ιστορία της Κομοτηνής, όπως φωτογραφίες, φακέλους αλληλογραφίας με παλιά γραμματόσημα κ.α. Ξεχωρίζουν η εικόνα του 18ου πιθανόν αιώνα, ζωγραφισμένη στις δύο πλευρές της, καθώς και το εβραϊκό ειλητάριο σε μεμβράνη που περιέχει την Πεντάτευχο.
Ξεκινώντας από την Δυτική Αίθουσα, μπορούμε να θαυμάσουμε στο υποβλητικό περιβάλλον -για το οποίο αξίζουν συγχαρητήρια στον αρχιτέκτονα κ. Ξύδη – εικόνες του Ι7ου και Ι8ου αιώνος, ευαγγέλια και καλλιτεχνικά καλύμματα ευαγγελίων, λειτουργικά βιβλία του Ι8ου αιώνος, βίους Αγίων, αρτοφόρια, γυάλινες κανδήλες, κλπ, μέχρι και ένα εβραϊκό ειλητάριο.
Στην Ανατολική Αiθουσα, πάνω από της οποίας την είσοδο βρίσκεται σλαβική (μάλλον ρωσική) επιγραφή που δηλώνει “Ναό του Αγίου Βασιλείου”, μπορεί κανείς να δει κάπως νεώτερες εικόνες (του Ι9ου κυρίως αιώνος), άμφια, σταυρούς, δισκοπότηρα, στέφανα γάμων, εξαπτέρυγα, καθώς κι ένα σουλτανικό διάταγμα του προηγούμενου αιώνα. Το διάταγμα – γραμμένο στα οθωμανικά – αφορά την άδεια ανέγερσης του Ιερού Ναού του Αγίου Νικολάου στους Ασώματους Ροδόπης.
Η τρίτη αίθουσα, το παλιό Παγοποιείο (πού είναι. και το νεώτερο κτίσμα) εκτός από εικόνες με καραμανλίδικες επιγραφές και επιτάφιους ρώσικης προέλευσης, έχει επίσης φωτογραφίες εποχής από την απελευθέρωση τής Κομοτηνής (14 Μαίου 1928), κληρικών των αρχών του αιώνα (μεταξύ των όποίων και του Πατριάρχου Ιωακείμ Γ), καθώς και μια σφραγίδα της Γενικής Διοίκησης Θράκης της ίδιας περιόδου.
Το μουσείο είναι ανοικτό για το κοινό από τη 10η Σεπτεμβρίου 1999.
