Το κτήριο κατασκευάστηκε από την Αρχαιολογική Υπηρεσία στη δεκαετία του ‘70 σε οικόπεδο που δώρισε ο Σιφνιός καθηγητής Γ. Μαριδάκης και στεγάζεται σε διώροφο κτήριο στο εσωτερικό του χωριού. Αναπαλαιώθηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού στις αρχές της δεκαετίας του 1980 και από το 1986 λειτουργεί κανονικά.
Στις συλλογές του περιλαμβάνει ευρήματα από διάφορες θέσεις του νησιού όπως:
- Γλυπτά (επιτύμβια, αγάλματα, αρχιτεκτονικά μέλη κ.λ.π.) από την αρχαϊκή μέχρι και τη ρωμαϊκή εποχή (6ος αιώνας π.Χ. – 1ος αιώνας π.Χ.),
- Κεραμικά από το Κάστρο από τη γεωμετρική μέχρι και την ελληνιστική εποχή ( 8ος αιώνας π.Χ. – 2ος αιώνας π.Χ.)
- Νομίσματα.
Από τα σημαντικότερα εκθέματα του είναι η ανθεμωτή επίστεψη μαρμάρινης επιτύμβιας στήλης ( 4ου αιώνας π.Χ.), το κεφάλι από μαρμάρινο γυναικείο άγαλμα (4ος αι. π.Χ.) το κεφάλι κούρου από μάρμαρο (μέσα 6ου αι. π.Χ.), το μαρμάρινο ιωνικό κιονόκρανο (6ου αι. π.Χ.), η μαρμάρινη επιτύμβια στήλη (ελληνιστικών χρόνων).
