Το Αρχαιολογικό Μουσείο Κισάμου ξεκίνησε τις δραστηριότητες του το 2005 και στεγάζεται στο ενετοτουρκικό μνημείο το οποίο είναι γνωστό ως «Διοικητήριο». Τα εκθέματά του παρέχουν μια διαχρονική εικόνα της ιστορίας της περιοχής από την προϊστορική εποχή μέχρι και την ύστερη αρχαιότητα, δηλαδή τους παλαιοχριστιανικούς χρόνους. Η έκθεση είναι χωρισμένη σε ενότητες με βάση χρονολογικά και τοπικά κριτήρια και είναι κατανεμημένη στο ισόγειο και τον όροφο του κτηρίου.
Στο ισόγειο παρουσιάζονται η μινωική περίοδος με ευρήματα από τις ανασκαφές στα Νωπήγεια, γεωμετρική εποχή (9ος – 8ος αι. π.Χ.) και εστιάζει την προσοχή στην ιστορική εξέλιξη των σημαντικότερων πόλεων – κρατών της δυτικής Κρήτης, την Πολυρρήνια και τη Φαλάσαρνα, που ήκμασαν στην ελληνιστική περίοδο (τέλη 4ου – 1ος αι. π.Χ.). Παρουσιάζονται επίσης κεραμικά ευρήματα από μη αυτόνομες πόλεις και οικισμούς της ευρύτερης περιοχής, ελληνιστικές επιγραφές και γλυπτά της περιοχής της Κισάμου, έργα ως επί το πλείστον της Ρωμαιοκρατίας (67 π.Χ.- 4ος αι. μ.Χ.).
Ο όροφος είναι αφιερωμένος στην πόλη της Κισάμου και στα ευρήματα από τις ανασκαφές. Εδώ μπορεί να θαυμάσει κανείς ψηφιδωτά δάπεδα με ενδιαφέρουσες εικονογραφικές παραστάσεις από αστικές επαύλεις της ελληνορωμαϊκής Κισάμου, αμφορείς και νομίσματα από τις οικονομικές σχέσεις και το εμπόριο της, ευρήματα από εργαστηριακούς χώρους, αντικείμενα καθημερινής χρήσης και ευρήματα από τάφους της Φαλάσαρνας και της Πολυρρήνιας, από μια ταφή του β΄ μισού του 4ου αιώνα π.Χ. από το Ρωμαϊκό και παλαιοχριστιανικό νεκροταφείο.
