Το Αρχαιολογικό Μουσείο στεγάζει ευρήματα των ανασκαφών της Αρχαιολογικής Εταιρείας στην αρχαία Μεσσήνη, οι οποίες άρχισαν το 1895 από τον Θεμιστοκλή Σοφούλη και συνεχίστηκαν από τον Γεώργιο Οικονόμο (1905 και 1926), τον Αναστάσιο Ορλάνδο (1957-1975) και τον Πέτρο Θέμελη (1986 έως σήμερα). Κτίστηκε μεταξύ των ετών 1968 και 1972 στις δυτικές παρυφές του χωριού Μαυρομάτι, σε οικόπεδο που δώρησε στην Αρχαιολογική Εταιρεία ο ομογενής Δ. Λατζούνης.
Το Μουσείο είναι μικρό, διώροφο και απλό στη μορφή του. Στον όροφο περιλαμβάνει τρεις αίθουσες έκθεσης και εξώστη, ενώ στο ισόγειο βρίσκονται οι αποθηκευτικοί χώροι. Αρχιτεκτονικά μέλη και ενεπίγραφα βάθρα έχουν εκτεθεί στο αίθριο του Μουσείου και στα υπόστεγα. Μεταξύ των ετών 1992-1999 έλαβαν χώρα εκτεταμένες εργασίες επισκευών και ανακαίνισης.
