Στην Αρχαιολογική Συλλογή Μαλεβιζίου εκτίθενται αρχαία αντικείμενα, που χρονολογούνται σε όλες της εποχές της Κρητικής αρχαιότητας και εκτίθενται σε 40 περίπου προθήκες. Το μεγαλύτερο μέρος των εκθεμάτων προέρχεται από τη Συλλογή Μεταξά, την οποία διατηρούσε ο επιχειρηματίας Νικόλαος Μεταξάς από το 1959 έως το 1997. Τριάντα ακόμα αρχαία αντικείμενα προέρχονται από πρόσφατες κυρίως ανασκαφές στην ευρύτερη περιοχή του Δήμου. Το σύνολο των ευρημάτων δημιουργεί πράγματι μια καθαρή εικόνα για τον αρχαίο Κρητικό πολιτισμό, με παραδείγματα από όλες σχεδόν τις μορφές της τέχνης, τα οποία χρονολογούνται σε όλες τις περιόδους της ιστορίας της Κρήτης, από το 4000 π.Χ έως τον 2ο αι. μ.Χ.
Η Έκθεση διαιρείται σε 7 ενότητες, ανάλογα με την κατηγορία των εκθεμάτων, ενώ τα αντικείμενα κάθε ενότητας παραθέτονται χρονολογικά. Αξιοσημείωτο είναι ότι κάθε ενότητα συνοδεύεται από δίγλωσσο (ελληνικά – Αγγλικά) επεξηγηματικό πίνακα που εντάσσει τα εκθέματα στο χρονολογικό και πολιτισμικό τους πλαίσιο. Δίγλωσσες είναι και οι λεζάντες που υπάρχουν σε κάθε προθήκη για να δίνουν πληροφορίες για το κάθε ένα αντικείμενο ξεχωριστά.
Η Πρώτη ενότητα που συναντά ο εισερχόμενος στο Μουσείο περιέχει αντικείμενα Λιθοτεχνίας. Περιλαμβάνει λίθινα εργαλεία, αγγεία και άλλα αντικείμενα από τη Νεολιθική έως και τη Μινωική περίοδο.
Η Δεύτερη ενότητα, που είναι και η μεγαλύτερη, είναι αφιερωμένη στην Κεραμική και περιλαμβάνει αγγεία όλων των τύπων και των εποχών. Εντυπωσιακό έκθεμα στην ίδια ενότητα αποτελεί και ο πήλινος κεραμικός τροχός πάνω στον οποίο πλάθονταν τα αγγεία. Ένα γιγαντιαίο πιθάρι της Αρχαϊκής εποχής, με παραστάσεις ανθρώπων και αλόγων κυριαρχεί στο βάθος της αίθουσας.
Η Τρίτη ενότητα περιλαμβάνει την Πηλοπλαστική. Δεκάδες πήλινα αγαλματίδια ανθρώπων, ανδρών και γυναικών, θνητών και θεοτήτων, ζώων και ομοιώματα αντικειμένων, από ιερά και τάφους, που χρονολογούνται από τη Μινωική έως τη Ρωμαϊκή Εποχή, εκτίθενται εδώ.
Η Τέταρτη ενότητα αναφέρεται στη Γλυπτική και περιλαμβάνει μαρμάρινα αντικείμενα και τμήματα αγαλμάτων κυρίως των Ρωμαϊκών χρόνων. Εντυπωσιακή είναι και το μαρμάρινο αγγείο της Κλασσικής εποχής που βρίσκεται στην ίδια ενότητα.
Στην Πέμπτη ενότητα εκτίθενται ευρήματα από την περιοχή του Δήμου Μαλεβιζίου, που είναι και τα μόνα εκθέματα που δεν προέρχονται από τη Συλλογή Μεταξά. Εδώ βλέπει κανείς εντυπωσιακά αγγεία και ειδώλια από το Γάζι, τον Κρουσώνα και το Καβροχώρι. Στην ενότητα της περιοχής Μαλεβιζίου περιλαμβάνεται και μια εντυπωσιακή μινωική Σαρκοφάγος από την Τύλισο, με εξαιρετική ζωγραφιστή διακόσμηση που δεσπόζει στο κέντρο της αίθουσας.
Η Έκτη ενότητα αποτελείται από μια μεγάλη προθήκη με Μετάλλινα αντικείμενα. Σε αυτήν εκτίθενται όπλα όπως βέλη, λόγχες και μαχαίρια, εργαλεία και κοσμήματα από όλες τις εποχές του Κρητικού Πολιτισμού.
Η Έβδομη και τελευταία ενότητα περιέχει αρχαία κοσμήματα. Σε αυτήν εκτίθενται εντυπωσιακά περιδέραια λίθινα και χρυσά, ενώτια, δαχτυλίδια και βραχιόλια από τη Μινωική εποχή αλλά και τους μεταγενέστερους χρόνους, που εντυπωσιάζουν με την τέχνη τους τον επισκέπτη.
