Το Αρχαιολογικό Μουσείο του Αγίου Νικολάου είναι αρχαιολογικό μουσείο που βρίσκεται στον Άγιο Νικόλαο στην Κρήτη. Ιδρύθηκε το 1970 και φιλοξενεί ευρήματα από την νεολιθική εποχή, την Μινωική εποχή και μέχρι τους ελληνορωμαϊκούς χρόνους.
Σκοπός της ίδρυσης του μουσείου ήταν στεγάσει τα πολυάριθμα νέα αρχαιολογικά ευρήματα της Ανατολικής Κρήτης που ως τότε πήγαιναν στο Μουσείο Ηρακλείου.
